DNA 분류

 지구상의 다양한 생물들(기록 종 약 190만종)은 동일 종(species)이라도 서식지/연령/성 등에 따라 모습이 다르기도 하고, 형태가 유사하여 겉모양으로는 정확하게 종이 구분되지 않는 경우도 많습니다. 그러나 유연관계가 가까운 종이라도 그들이 가지고 있는 유전정보(DNA 서열)에는 뚜렷한 차이가 있습니다. DNA 분류(DNA taxonomy)는 생물이 가지는 고유 DNA 서열정보를 이용해 생물종을 빠르고 정확하게 식별하고자 하는 것입니다. 이때 생물의 유전자 신분증 역할을 하는 것이 DNA 바코드 입니다.

 KOBIS DNA 분류는 공개 종식별 DNA 서열정보를 활용해, 이용자가 쉽고 간편하게 생물종 동정 및 계통수 작성을 할 수 있도록 웹 표준 및 접근성을 고려하여 구축되었습니다. 또한 이용자의 목적에 맞게 정보를 활용할 수 있도록 자료를 구조화‧시각화하였고, 자유롭게 관심정보 내려받기를 할 수 있는 기능을 지원하고 있습니다.

주요 기능

  • · 종 식별력 향상을 위한 공개 서열자료 기반의 2차 데이터베이스 개발
  • · '서열 검색 – 서열 동정 – 다중 서열정렬 – 계통수 작성’ 일괄처리 기능 지원
  • · 생물다양성 및 생명정보 관련 국내·외 웹 사이트 접근 기능 제공

상세 설명

  • DNA분류도감메인
    • DNA 서열 1차 분석 도구인 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)를 메인화면 중앙에 배치하여, 서열 입력/검색을 직관적으로 할 수 있도록 하였습니다.
      • · 동정할 유전자(CO1, ITS, matK, rbcL) 범위 선택으로 정확도 및 속도 향상 추구
      • · 연관 서열의 수집지 정보를 제한함으로써 동정 정확도 향상 추구
  • 동정화면
    • 동정결과에 대해 이해도와 가독성을 높여줄 수 있도록 화면을 구성하였습니다.
      • · 결과 확인/해석을 위한 필수 정보만 화면에 표시
      • · 검색 조건(지역, 유사도 건수) 변경 시, 재정렬된 정보 표시
      • · 동정 결과 서열 중, 선택된 서열 내려받기 및 다중서열정렬 가능
  • 계통수작성
    • 동정 결과 확인 후, 추가 분석을 즉시 수행할 수 있도록 다중서열정렬(ClustalW) 및 계통수(Neighbour-joining tree) 작성 프로그램을 탑재시켰습니다.
      • · 개별서열/정렬된 서열(FASTA format) 및 계통수(Newick format) 파일 내려받기 기능 제공
  • 지도
    • 지리학적 생물분포 정보 제공을 위해, 연관서열 수집지(시료 채집지) 정보를 구글맵을 활용하여 제공합니다.
      • · 위경도 좌표 정보 유무에 따른 표식자(바코드 또는 국기) 차별화
      • · 표식자 클릭시, 관련 질의서열 요약정보 제공 및 상세페이지 이동 가능
  • 동정화면
    • 사용자 편의를 고려한 분류체계 탐색기를 제공하여 관심 생물의 연관 정보 접근성을 향상시켰습니다.